本中心隸屬於臺北市政府衛生局，為本府二級機關，置主任、秘書各1人，下設個案管理組、健康促進組、會計室及人事單位，預算員額35人，組織架構圖如下：
中心本部包含主任(1人)、秘書(1人)，各單位職掌（預算員額數）如下：
一、個案管理組 (15人)：掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、社區防疫、癌症防治、中老年疾病防治、長期照護業務及其他個案管理等事項。
二、健康促進組 (16人)：掌理學校衛生、菸害防制、生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、衛生教育宣導及研考、文書管理、庶務、出納等事項。
三、會計室(1人)：秉承上級主計機關之監督及指導，依法辦理歲計、會計、統計等事項。
四、人事機構(1人)：秉承上級人事機關之監督及指導，依法辦理人事管理查核等事項。
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